Üniversitemizin 03.07.1992 tarih ve 3837 Sayılı Kanunla kurulmasının ardından, 2547 Sayılı Yükseköğretim Kanunu gereğince Rektörlüğe bağlı olarak “ Yabancı Diller Bölümü “ Dokuz Eylül Üniversitesi kadrolarından Muğla Üniversitesine aktarılan yabancı dil okutmanları ile 1127 öğrenci ile yabancı dil derslerini vermeye başlamıştır.
Üniversitemiz, 1993-1994 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren yeni fakülte, yüksekokulu ve meslek yüksekokullarını devreye sokarak hızlı bir büyüme sürecine girmiştir.
1994-1995 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren ise, Üniversitemiz fakülte, enstitü ve yüksekokullarının yabancı dil ders programlarının yanı sıra “İngilizce Hazırlık Programını” fiilen başlatmıştır. Yabancı Diller Bölümündeki İngilizce Hazırlık Programı, isteğe bağlı zorunlu olmak üzere iki kategoride yürütülmüştür. Yabancı Diller Bölümü bu süreçten itibaren on yıl boyunca Eğitim-Öğretim faaliyetlerine sürdürmüştür.
29 Nisan 2005 tarih ve 25800 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 01.04.2005 tarih ve 2005/8715 Sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuş olup, 13.05.2005 tarihinde müdür ataması ile faaliyete başlamıştır.